停止使用抗生素主要困难在于动物疾病上升，养殖效益下降，例如丹麦在停用抗生素之初，生猪的发病率和死亡率增加600%,治疗性抗生素使用量呈比例增加，同时由于饲料转化率降低所致，养猪生产成本提高了8%-15%.

　　而在中国，由于规模养殖的环境条件、密度条件、防疫条件均不如欧洲国家，可以想象，如果直接禁止在养殖中停用抗生素，将带来更大的损失。